1916年袁世凯病逝前留下的遗言“看中国再造共和，为日本去一大敌”，这两句话可以读出日本对于袁世凯更多的是一种“憎恨”，同样袁世凯也是恨极了日本。
这种“憎恨”的产生，最早要从朝鲜“壬午事变”说起。1882年，朝鲜士兵因为拖欠军饷以及对日本人的反感而兵变，驱逐朝鲜的日本人，推戴兴宣大院君李昰应上台执政。这次兵变引发了中国和日本同时出兵干涉，很快被中国清朝的军队镇压。
当时朝鲜王国父亲大院君
当时年仅23岁的袁世凯，作为“通商大臣暨朝鲜总督”的身份留驻朝鲜，实际上掌控了朝鲜的军政大权。日本自明治维新以后，开始了在东亚不断扩张，吞并琉球，尝试入侵台湾，干涉朝鲜事务。
七子之歌-台湾、琉球
但因大清帝国的余威尚存，“征韩论”被一些人从时机不成熟、“內治优先”作为出发点而被压制，但并不意味着日本政府在征韩问题上存在有较大的分歧。在与清朝签订《修好条规》处理台湾事件之后，日本便开始了对朝鲜的扩张行动，挑起江华岛事件，迫使朝鲜签订《江华条约》签订之后，日本随之对朝鲜步步紧逼，极力在朝扶持亲日势力，力图切割朝鲜与清政府的宗属关系。借此企图独霸朝鲜，并染指东北，中日之间的矛盾不断升温。
江华岛事件
清王朝为了维护“天朝大国”最后的威严，继续维持对朝鲜宗主权及自身防卫考虑，以达到抵御列强侵略的目的，朝鲜的地位尤显重要。
韩剧《明成皇后》剧照
面对日本的侵略意图日益明显，朝鲜局势越来越危机。袁世凯给李鸿章致电中写道，“第思日本既能废琉球，我又何可废朝鲜改行省，许各国往来通商，各国必不与我为难。......彼国虽偏小，上下一心，其图谋并吞高丽，形迹已彰。若复数年，羽毛丰满，则难图矣。”此处袁世凯的吞韩之谋可以看出他对日的立场，同时袁世凯对朝鲜局势的分析可谓是入木三分，他对于日本吞朝的野心非常清楚，建议清政府将朝鲜按照废藩置县，使朝鲜成为大清帝国的直属省份。其实当时完全具备这个条件，袁世凯掌控了朝鲜的内政外交，加之朝鲜为中国藩属数百年，有一定的可操作性空间。
年轻的袁世凯
袁世凯之所以对日本极其防备，这主要是袁世凯崛起于朝鲜，“两次勘定朝鲜变乱，厥功甚伟”，在李鸿章保举下为清廷全权代理朝鲜事宜，对于朝鲜事宜竭心尽力。中日在朝利益的碰撞时，袁世凯强有力的手段遏制了日本的野心。“甲申事变”中，袁世凯一举粉碎日本人的阴谋，因此袁世凯成为日本的眼中钉。因此日本政府屡次向清廷提出抗议，说是袁世凯屡次挑衅，要求清政府予以赔偿，甚至还造谣袁世凯和朝鲜的闵妃（后来韩国追封明成皇后）通奸。
1885年，日本政府派遣伊藤博文来华，一再要求惩办袁世凯。此后，袁世凯与日本的明暗对抗一直持续袁世凯的一生，最终袁世凯含恨而终。