DNA十分的脆弱，容易受到微生物的污染或者伴随时间的推移而消失。假定在理想环境下推算，存在下来的DNA也超不过100万年。相较于DNA，蛋白质要更加稳定，复杂折叠后的蛋白质也可以应用于考古研究，它具有着历久弥坚的“生命”。& $ q r u w S K F伴随着研究方Q z |法的不断改进，研究人员可以利用这项技术研究缺乏DNA的化石，比如远古人类的遗骸的年龄等。
对古蛋白质的研究已成为一个新兴的跨学科领域，为考古学研究的推进作出了巨大的9 } x R 2 # n P贡献。例如，2016年，英国M Z | R / (科学家们通过对骨头中常见的胶原蛋白进行识别，从考古遗址中挖掘出的2000多个细小而难以辨认的各种动物骨骼碎片中，科学家鉴定出尼安德特人的骨骼，因为胶原蛋白序列在不同动物之间的排列方式有细微的不同；加拿大考古学家在约旦的一个沙漠绿洲中发现了旧石器时代人类利用工具的直接证据，该证据就是25万年前屠p D E F C t宰动物残留在石6 , i n ; ` &器工T [ - 8具上的蛋白质。
虽然牙釉质是古代蛋白质的最佳来源，但现在，研究人员也可从骨头和头发中提取它们，大大扩大了考古信息的来源，由于蛋白质广泛存在于动植物之中，因此蛋白质还将大力应用于剖析由动植物制品制成的B T 0 x人造物品的信息。
研究人员希望 2020 年能分析羊皮纸手稿和曾经用来密封文件的蜂蜡。科学家们也在分析古代罐子上的残留物，以寻找更多的线索，比如蒙古大草原上的早期牧民是先喝骆驼奶还是羊奶，以及生活在罗马帝国边缘的英格兰人吃什么。
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