朱元璋
朱棣
洪武三十一年闰五月初十（1398年6月24日），明太祖朱元璋在南京病逝，皇太孙朱允炆继位，时年21岁，这便是建文帝。朱元璋为了他一手创立的大明江山能够长久不息，将宗室25人（24个儿子和1个从孙）封为藩王，分驻全国各地战略要地，其中有9个儿子被分封到东起辽东西至甘肃的北方边境线上，镇守边塞，称为塞王，这其中就有分封在北平府的燕王朱棣。藩王在朱元璋统治时期的权力很大，特别是这九大塞王，因为直接抵御外敌，自身就拥有数量相当的护卫，同时可以调动地方部队。例如，驻守北平的燕王朱棣拥兵十万；驻守在大宁（今内蒙古宁城）的宁王朱权有甲兵八万，手下的朵颜三卫骑兵更是骁勇善战。
建文元年（1399年）藩王分封图
随着朱元璋晚年长子太子朱标、次子秦王朱樉和三子晋王朱棡先后去世，加之多年来在边境与北元的作战，此时的四子朱棣不仅成为家族尊序上的诸王之首，在北方的军队之中更是有着崇高的威望。年轻皇帝的资历威望不足以压制这些拥兵自重的叔叔们，这些原本为了拱卫天子的藩王反而成为了皇权的威胁。于是，建文帝在方孝孺、黄子澄和齐泰为首的朝臣建议下，下定决心决定削藩，以免重蹈汉景帝时“七国之乱”和西晋时“八王之乱”。
由于对燕王朱棣实力的忌惮，一开始皇帝只是利用或有或无的罪名对一些实力较弱的藩王采取措施。一年之间，先后有5位藩王被废。这时情况是连傻子都知道下一步要动朱棣，可是朝廷还是对其小心谨慎，没有乘势一举拿下，这反而给了朱棣充分的准备时间。
终于，在建文元年（1399年）七月，燕王朱棣在诱杀了建文帝派来监视逮捕任务的官员，连夜控制北平，打着“清君侧”的旗号正式起兵“靖难”。战时之初，因为北方诸将多为朱棣旧部，跟随朱棣者众多。朱棣也很快拿下了北平附近的许多城池。
靖难之役示意图
朱棣起兵的消息很快传到了南京。此时大明已立国三十余年，开国的大将不是老死，就是被朱元璋清洗得差不多了。如今建文帝只好启用仅剩的老将耿炳文为大将军，率军伐燕。这位老将，善于防守，让他为先锋确实不是强项。已经在边疆作战多年的朱棣很快就挫败了耿炳文，打得朝廷军队只得在真定坚守不出。
建文帝听说兵败的消息，就命曹国公李文忠之子李景隆代替耿炳文与燕军作战。这位李景隆是大明开国功臣之后，只可惜自己确实纨绔子弟，丝毫不知兵法。李景隆到任后，调集各路人马总计50万向北平而去。朱棣得知李景隆挂帅，便让世子朱高炽坚守北平，自己亲自率军去驰援被辽东军进攻的永平，以此来诱使李景隆深入。李景隆攻城期间，由于贪功，贻误战机，使得守城的燕军得到了喘息，最终只能退守山海关。另一方面，救援永平之后，朱棣立马奔赴大宁，此刻的他急需宁王朱权的加入和他的朵颜三卫精锐。朱棣单人入大宁城内见了朱权，同时暗中派人贿赂大宁的军官。等到朱棣提出告辞，朱权亲自送行出城，没想到大宁军士已叛变归附朱棣，宁王朱权此时已经骑虎难下，连同家眷被朱棣带回北平。得到宁王精锐部队的朱棣，如虎添翼，在接下来的数月里，李景隆连战连败，最终六十万大军溃败，自己则逃回南京。
虽然朱棣重挫了建文帝的军队，但是控制全国的朝廷实力还是处于优势。在济南之战中，守将盛庸、铁铉坚守数月，设计诈降，在朱棣入城时，城门预设的铁板落下，险些砸中朱棣，并利用朱棣撤兵之机会，大败燕军。之后的东昌之战，朱棣更是死战勉强逃离战场，而手下大将张玉更是战死。尽管朱棣在战场上多次濒临险境，却每次都能化险为夷，这就不得不说建文帝的下的一道旨意了，“勿使朕有杀叔父名”，这一下就让将士们很难办了，都怕伤害了朱棣，日后被皇帝算账。可是战场上要想活捉朱棣，又是难上加难，只得放任自由。朱棣也利用了这一点，多次单骑殿后，令朝廷军队无可奈何。
有了建文帝的昏招频出，也难怪以举国之力平叛的建文帝迟迟拿不下只占几城的朱棣。双方就这样相持了2年多，互有胜负，燕军困于兵力不足，无法维持和扩大胜利的成果。建文三年（1401年）冬，朱棣终于决定打破这一平衡，直接率军南下，直取南京。
一路突破封锁的燕军行至齐眉山时，被徐辉祖的援兵大败，此时正值酷暑，眼看燕军就要陷入绝境。在是否继续南下的问题上，朱棣与诸将意见相左，只有朱能一人坚定支持朱棣此时直取南京的方案。就在这最后决战就要到来之际，朝廷上居然讹传燕军已败，而京师重地不可一日无良将，就这样刚刚大败朱棣的徐辉祖就被召回首都去了。双方在灵璧展开了决战，然而此时更巧的事发生了。朝廷军由于缺粮决定要突围，号令为三声炮响；燕军攻打灵璧时约定的信号也是三声炮响。于是，燕军攻城时，朝廷军以为是自己的号令，纷纷夺路而逃。面对这样的天赐良机，朱棣当然是尽数笑纳，朝廷军全军覆没，自此长江以北再无能抵挡朱棣的军队。
此时，南京城已经是人心惶惶。当时的南京城经过几十年的经营修筑，城墙深厚，城内尚有驻军约二十万，倾一诸侯国之力远道而来的朱棣想要迅速破城也不是那么容易。建文帝完全可以固守都城，往各地发勤王檄文，到那时候被动的反而是朱棣。可是这时候的朝野已经是慌乱一团，在关键的城防安排问题上就犯下了大错。一个是此前将60万大军弃之不顾的李景隆，一个是这次受削藩直接影响的谷王朱橞，建文帝安排这两个人防守南京的金川门。最后的结果，他们看见朱棣后，便开门献迎接，京师就此陷落。
明南京城
朱棣入南京之后，皇宫中起火，建文帝自此不知所终，成为了一桩历史悬案。朱棣，这位中国古代唯一造反成功的藩王，取代了侄子成为了大明皇帝，北征蒙古，南下西洋，营建紫禁城，开创了属于自己的永乐盛世。