日本出现人类应该在至少3万年前，但化石发现很少，仅有日本冲绳县发现的约1.8年的港川人。通过与中国的旧石器时代人的对比可知，港川人和中国南方的柳江人非常相似。
关于港川人的起源主要有两种看法。一种通过把s T : n k h港川人和中国及东南亚岛屿的旧石器时代人化石对比后认为，港川人和中国南方的柳江人之间的亲缘关系要比他与中国北方山F 3 5 t W e顶洞人接近，因此推测港川人更可能来源于中国南方而不是中国北方或东南亚地区。或者还有一种可能性就是港川人和柳江人g 0 u Z $ .在并不久远的过去有着共同的祖先 。另一种是根据牙齿形态的调查指出，港川人是在3万年至1.7_ G W $ ? } j万年前由具有巽他型牙齿类型的人发展而来，港川人和马来－爪哇人、泰国人以及波里尼西亚人和密克罗尼西亚人等都是巽他型人群，他们的直接祖先在东南亚岛屿。
日本古坟时代（公元3世纪到公元6世纪）的前方后圆状古坟，图为最大的古坟仁德天皇陵。
根据以上各方面的研究成果，我们对日本人群的起源和分布概括如下：
1.至少在3万年前的更新世晚期，日本出现了人类，但化石仅有冲绳岛发现的距今1.8万年的港川人。
2.大约在距今至少10000-2300年以前，日本列岛生活着拥有低面、低眶、低身材和巽他C + I r型牙齿类型且依靠狩猎、采集和捕鱼为生的日本新石器时代绳文人，他们可能是分布在中国南方、日本大陆和九州群岛等地区的旧石器时代人的后裔，在后来的演化过程中，他们通过微进化过程和一定程度的与其他人群的, 6 M r Z v m d混血发展成为北部北海道阿伊努人，同时发展成西南冲绳岛的琉球人。
日本弥生时代晚期的干栏式建筑
3.从t / @大约Q @ 6 @ j Z & Y #2300年前的弥生时代初期开始，一批高面| M f * R o、圆眼眶、扁平鼻骨、高身材和中国型牙c / % Y &齿类型的人群从亚洲大陆登陆日本的北九州地区和本州岛西部的大部分地区，与日本原住民共同混杂生活。之后，这样的人群从古坟时代末随着时代变Z + = 2 y n 1 r J迁，逐渐向本州岛东部扩散，他们向北和向南扩散很慢，致使北海道阿伊努人和西南岛屿_ P c A的冲绳人在很大程度上保留了绳文系统原住民的体质特征和文化元素。在移民的扩散过程中，虽有h ! g混血发生，但来自亚洲大陆移民的基因优势超过了日本原住居民，逐渐- D 6 L演化为现代日本人。从中世纪早期至今的600年间，日本人群基本没有来自海外的重要基因。
虽然现代日本人起源的“移民说”基本得到认可，但对这些移民的来源地依然存在不同的看法。因为人骨材料涉及的出土地点和时代都有限，比如缺乏与弥生时代初期相, u 9 v f v C !当的长江或江淮流域的人骨资料，而对朝鲜半V 0 K Y ) T岛的人骨研究也不是很清楚。尽管人骨形态显示江苏三星村与日本渡来系弥生人最接近，但时代上有2000年的差距。此外，还缺乏古代人骨DNA的研究结论。所以，从目前对中国大陆和日本弥生时代遗址出土人骨的对比分析结果看，也无法得出一个明确的认识，还不能肯定地说出中国大陆的哪些古代人群对现代日本人种族形成有过重要的Y R U B基因贡献。
在探讨现代日本人群与中国大陆的渊源关系时，考古= G 1 4 3 I 8文化上的联系、植物考古和动物考古学的研究也具有重要的参考价值。其中，对农业起源的研究结果可能更为重要，因为种植技术的使用和推广必须通过掌握这种技术的一批人群来实现。相信$ | e .随着考古发现的不断增加、J j w c *随着研究领域和手段的增多，对现代日本人群的源乡在哪、他们因为什么原因和通过什么途径到达日本岛等等问题都会逐渐明晰起来。
结论为日本人是大陆移民的后代，阿伊努人和琉球人是土著的后代。日本人与后两者在人种上存在明显区别。